Музей находится на территории санатория «Крепость». На этом месте была воздвигнута в 1803 году крепость. До наших дней сохранились ворота крепости, часть стены и крепостная башня, в которой и находится музей. Он был открыт как народный музей 9 мая 1965 г. В 1971 г. музей стал филиалом Ставропольского краеведческого музея.

В городском музее три отдела: природы, дореволюционного прошлого и истории советского периода.

Большое количество экспонатов рассказывает о памятниках материальной культуры, о событиях времен первой русской и Октябрьской революций на Кавминводах, о природных богатствах курортов, трудовых и боевых подвигах людей в белых халатах.

Экспонируются личные вещи хирургов госпиталей, осколки, извлеченные из ран, фотографии врачей, партизан отряда имени Лермонтова и др.

Интересны археологические находки: сосуды, украшения, оружие и вещи аланской культуры. Среди экспонатов истории города предметы быта солдат старой крепости, фотографии первых домов Кисловодска.